In dieser Antwort machen Sie einen Unterschied zwischen Seriennummer und Referenz.
Die Referenz ist einfach nur ein Text, der im Datensatz gespeichert wird. Solange man dafür keinen extra Filter im Fragebogen einbaut, hat er keine technische Funktion.
Die Seriennummer dient als Zugangsbeschränkung, sie wird (wenn der Fragebogen im Zugriffsmodus "Seriennummer" ist) überprüft und nur wer eine gültige Seriennummer hat, darf teilnehmen.
Außerdem erlaubt eine Seriennummer das Fortsetzen eines unterbrochenen Interviews.
Wie kann die Zuordnung dann im Falle von manuell erstellten Referenzen gewährleistet werden?
Wenn Sie bei allen Wellen bei derselben Person dieselbe Referenz anhängen, dann wird jedesmal derselbe Wer in der Variable REF gespeichert. Das ist für eine Zuordnung normalerweise genau das, was man braucht. Nur anonym ist es halt nicht mehr (wie man es z.B: bei einer Serienmail hätte, nicht zu verwechseln mit der Seriennummer).
ad 3) Ja, aber probieren sie es vorher mit ein paar Testadressen aus. Wegwerfadressen zum Testen kann man sich im Internet in notwendiger Menge holen :)