Ich würde empfehlen, in beiden Fällen denselben Fragebogen zu nutzen. Wenn Sie mit Serienmails inkl. personalisierten Links arbeiten, bekommen die Teilnehmer in beiden Wellen automatisch dieselbe ID in der Variable SERIAL zugewiesen.
Wenn Sie die Links manuell verteilen und z.B. eine Referenz angeben (oder wenn die Teilnehmer Ihre Nummer selbst im Fragebogen angeben müssen), würde ich empfehlen, dass sie in beiden Wellen dieselbe Nummer verwenden. Das ist nachher in der Auswertung einfacher, als wenn Sie 1 und 1a zusammenführen müssen.
Womöglich ist es sinnvoll, wenn Sie den Fragebogen innerhalb des Projekts duplizieren. Dann können Sie z.B. für die zweite Welle einen anderen Begrüßungstext verwenden (sehr sinnvoll, damit die Tielnehmer wissen, warum sie das Ganze nochmal ausfüllen sollen) und Sie haben im Datensatz in der Variable QUESTNNR eine eindeutige Zuordnung zur Welle. Ansonsten würden Sie diese Zuordnung aus dem Datum der Teilnehmer oder einfach aus der Abfolge der Fragebögen ableiten.