Es handelt sich hier um ein Timing-Problem - genauer gesagt um die Reihenfolge, in welcher welches JavaScript ausgeführt wird.
HTML sieht es nicht vor, dass Checkboxen exklusiv sind. Also, dass die Ausweichoption nicht zusammen mit den anderen beiden Optionen gewählt werden kann. Diese Funktionalität rüstet SoSci Survey mittels JavaScript nach.
Nun wird das JavaScript von SoSci Survey aber erst nach dem Laden der Seite aktiviert, Ihres schon vorher. Das bedeutet, dass erst Ihr JavaScript läuft - da sind alle drei Optionen noch aktiviert - und dass erst im Anschluss daran die beiden Optionen abgewählt werden.
Die einfachste Lösung in Ihrem Fall: Verlassen Sie mit einem return
die Funktion, wenn Option C gewählt ist oder stellen Sie diese Bedingung ans Ende der Funktion.
if (optionC.checked) {
frage.style.display = "none";
frage2.style.display = "none";
return;
}
Alternativ könnten Sie Ihren Code erst verzögert laufen lassen, das ist in diesem gut überschaubren Fall aber komplizierter als die o.g. Lösungen.