Die Gefahr der Konfundierung besteht nur dann, wenn Sie die Daten zur dritten Bedingungen mit den (vorher) erhobenen Daten zu den anderen beiden Bedingungen vergleichen. Kein Problem haben sie, wenn Sie nur jene Daten aus A und B mit C vergleich, die im selben Zeitraum erhoben wurden. Oder wenn Sie C eben gar nicht mit A und B vergleichen.
> Kann ich die dritte Bedingung aus den exportierten Daten anschließend entfernen, falls keine Versuchspersonen erhoben wurden?
In den erhobenen Daten würde nichts davon auftauchen, falls Sie keine Fälle dazu erheben. Und ja, Sie könnten die Bedingung auch nachträglich aus dem Zufallsgenerator entfernen, wenn es dafür einen Grund gäbe.