Grundsätzlich ja. Organisatorisch kommt es ein wenig darauf an, wie die Verantwortlichen der Studie das Projekt ausgelegt haben. Wenn sie den Teilnehmern etwa Anonymität garantieren, wird der individuelle Zugriff auf die Daten nicht funktionieren.
Insbesondere wäre auch zu klären, ob Sie eine eigene Kopie des Projekts anlegen (und damit direkten, verschlüsselten Zugriff auf die Daten haben) oder ob das Ganze über das bestehende Projekt laufen soll. Und in beiden Fällen wäre zu klären, wie die Daten auf sicherem Wege (verschlüsselt) entweder von "denen" zu Ihnen oder in die andere Richtung fließen.
Technik (Antwort auf Ihre eigentliche Frage)
Um ein Pseudonym (Token) im Datensatz zu hinterlegen, kann man am einfachsten die Referenz im Link verwenden - dann müssten die Teilnehmer aber eine längere Fragebogen-Adresse eingeben. In Ihrem Fall vermutlich intuitiver wäre die Seriennummer-Option (nicht zu verwechseln mit Serienmails, die dann zu empfehlen wären, wenn Die die Patienten per Mail einladen), bei welcher vor dem Start des Fragebogens ein Code (Token/Pseudonym) abgefragt wird.