Die Halbierung des Item-Sets wäre auch die von mir empfohlene Lösung. Die Begrenzung auf 99 Items rührt schlicht vom Format der Variablen-Kennungen her, die für das Item nur einen zweistelligen Code vorsieht. Dass man pro Frage mehr als 99 Items braucht ist ein seltener Ausnahmefall.
Bei der geschalteten Randomisierung (2 Sets á 90 Items) sehe ich methodisch kein größeres Problem: Die Rotation soll ja üblicherweise Reihenstellungseffekte im Aggregat nivellieren. Wenn die Blöcke sich voneinander nicht systematisch unterscheiden, dann sollte es bei der von Ihnen skizzierten Rotation (innerhalb der Frage und die Reihenfolge der beiden Fragen) auch keine systematischen Verzerrungen durch Reihenstellungseffekte mehr geben.
Falls es tatsächlich notwendig sein sollte, die Reihenfolge voll zu randomisieren, wäre es auch möglich, mittels PHP-Code die Frage für jedes Item einzeln anzuzeigen. Allerdings würde die Seite dann zwischen den Items neu geladen (selbst wenn die Ladezeit nur 1 Sek. beträgt, kommen so alleine 3 Minuten zusätzlich zusammen) und die Reaktionszeitmessung wäre entsprechend nicht mehr nutzbar. Ich würde von dieser Variante daher eher abraten.