Um die Frage zu beantworten: Nein, bekannt ist mir dazu nichts - Sie sind die ersten :)
Probleme mit der Kompression können in der Tat auftreten, wenn sowohl das PHP-Script wie auch der Server versuchen, den Inhalt zu komprimieren. Aber das sollte eigentlich nicht der Fall sein.
Weiterhin kann so ein Problem auftreten, wenn der komprimierte Inhalt nachträglich noch verändert wird. Wenn also z.B. der Webserver versucht an die von PHP komprimierte Seite z.B. noch etwas anzuhängen.
Ebenfalls denkbar wäre, dass die Kodierung (UTF-8) nicht im HTTP-Header mitgeschickt wird, was aber ebenfalls der Fall sein sollte.
Wenn das Problem nur beim ersten Aufruf einer Seite auftritt, könnte es auch daran liegen, dass beim Speichern der Antworten etwas schief läuft - und dabei irgend etwas in die Ausgabe geschrieben wird, was einen Fehler verursacht.
Als ersten Schritt würde ich einmal die Developer Tools im Webbrowser öffnen und dann im Bereich "Netzwerk" nachsehen, was überhaupt übermittelt wird. Dort sollte etwas zur Kodierung stehen und auch, wie der RAW-Inhalt der Seite aussieht. Außerdem würde ich prüfen, ob sich zwischen dem ersten (fehlerhaften) Aufruf und dem zweiten (funktionierenden) Aufruf etwas an den Inhalten (Kodierung, Umfang) ändert.
Womöglich wird in einem anderne Browser auch etwas Inhalt angezeigt (vielleicht eine Fehlermeldung), was die Ursache der Problems erklärt. Einen Versuch ist es wert...
Bei 2.6.00-i handelt es sich um eine Interimsversion - es kann also eine von inzwischen ca. 50 Versionen sein. Vielleicht könnten Sie in der Frage noch ergänzen, was in der Admin-Oberfläche rechts unten als Datenbank-Version angezeigt wird?