Ich befürchte, es wird nicht einmal möglich sein, die Klicks zu zählen - denn dafür müsste das im iFrame angeklickte Element sich per JavaScript beim Fragebogen-Dokument melden. Und dies scheitert wg. dem o.g. Cross-Site-Scripting an den Sicherheitsmaßnahmen des Browsers. Der Browser will vermeiden, dass Sie im iFrame z.B. die Online-Banking-Seite des Teilnehmers öffnen und dann dort Klicks und Eingaben (PIN etc.) abgreifen.
Sie könnten noch versuchen, ein transparentes DIV über das iFrame zu legen. Dieses würde dann nicht nur Klicks zählen, sondern könnte diese sogar abfangen. Allerdings weiß ich nicht, welche Browser das zulassen und bei welchen sich das iFrame trotz anderer Einstellungen in den Vordergrund drängt.
Eventuell müssten Sie doch darüber nachdenken, das Video herunterzuladen und sich vom Rechteinhaber die nötige Bestätigung holen, dass Sie es in SoSci Survey hochladen und für die Erhebung nutzen dürfen. Dann ist es Teil Ihrer Website und damit unter Ihrer Kontrolle.