Bitte sehen Sie sich mal diese Anleitung an:
Problemlösungen beim Datenabruf
Speziell den Abschnitt "Es fehlen Antworten im Datensatz".
Von Ihrer Beschreibung her würde ich darauf tippen, dass Items gelöscht und neu angelegt wurden. Das sieht nachher aus wie vorher, aber es werden dabei neue Variablen erstellt, welche dieselben Namen tragen wie die alten Variablen - nur dass die Antworten getrennt gespeichert werden.
Wenn Sie beim Download die Option auswählen, dass Sie auch die Daten gelöschter Variablen haben möchten (s. Anleitung), dann sollten Sie die verschollenen Daten angezeigt bekommen.