Kann ich die Umpolung einfach in R rückgängig machen, damit ich die Antworten wieder 'normal' auswerten kann?
Ja, das ist technisch unproblematisch.
Die Funktion, Items als "invertiert" zu markieren ist ohnehin nur eine Komfortfunktion, damit man die Daten nicht nachträglich in der Auswertung umkodieren muss (und damit man Indexwerte bei Bedarf direkt während der Erhebung berechnen kann).
Ich würde Ihnen nur empfehlen, dass Sie zur Sicherheit einen noch Fragebogen ausfüllen, bei welchem Sie in allen Skalen "trifft nicht zu" auswählen. Dann können Sie nach der Umkodierung prüfen, ob dort auch für alle Skalen der Wert 1 herauskommt. Dann können Sie sicher sein, dass Sie wirklich mit korrekten Daten arbeiten.