Am einfachsten erledigen Sie das vor dem Hochladen in einem Grafikbearbeitungsprogramm wie GIMP oder Photoshop: Verkleinern, zusammen auf ein Bild kopieren und speichern. Dann das Ergebnis als Logo hochladen.
Wenn Sie es ein wenig anspruchsvoller haben möchten, müssten Sie sich einmal den HTML-Code zum Einbinden von Bildern ansehen und im Layout an die Stelle von %logo% setzen. Zweimal der Code hintereinander gibt zwei Bilder nebeneinander. Und mit style="width: ..." kann man die Größe steuern.
Ergänzung
Diese Antwort zeigt, wie man ein zweites Logo direkt in den HTML-Code des Fragebogen-Layouts einbinden kann: https://support.soscisurvey.de/?qa=16775/2-logos-einbinden&show=16780#a16780