Der Unterschied zwischen der regulären und der manuellen Aktivierung ist folgender:
Bei der manuellen Aktivierung übergeben Sie die Informationen zu Ihrer Installation (URL, Version, ...) selbst an den Lizenzserver und bekommen die Lizenzdaten als Text.
Bei der automatischen Aktivierung erfolgt das im Hintergrund.
In beiden Fällen wird der Lizenzstring in der config.php eingetragen. Es ist nicht so gedacht, dass Sie diese Datei manuell bearbeiten, sondern eigentlich so, dass Sie auch bei der manuellen Aktivierung den String direkt in SoSci Survey eintragen. Aber das sollte keinen Unterschied in Hinblick darauf machen, dass sich durch den Neustart des Containers nichts ändern dürfte.