SoSci Survey überspringt Seiten eigentlich nur dann, wenn auf ihnen kein Inhalt ist. Prüfen Sie unter "Fragebogen zusammenstellen" -> "Fragebögen verwalten" bitte als erstes, ob Sie nicht versehentlich mehrere Fragebögen im Projekt haben.
Wenn nicht, dann erstellen Sie doch bitte einen Pretest-Link mit Debug-Funktion direkt (!) zu der Seite, auf welcher Sie den HTML-Code eingebunden haben. Verraten Sie außerdem bitte die Kennung des Textes mit dem HTML-Code, damit ich an der richtigen Stelle suche.
Meine Vermutung wäre, dass entweder der HTML-Code irgendwo nicht ganz korrekt ist, dass er zu viel "außenrum" mitbringt (z.B. ein <form> Tag) oder dass das JavaScript sich auf der Fragebogen-Seite nicht zurechtfindet.