Das kommt darauf an, wie die Daten strukturiert sind.
(1) Wenn es immer zusammengehörige Variablen sind, dann kann man sie quasi in die richtigen Variablen hineinschieben.
Das geht am einfachsten, indem man den Datensatz nach QUESTNNR sortiert und trennt (z.B. zweimal speichern und jeweils die Hälfte löschen) und dann wieder zusammenfügt - und SPSS dabei erklärt, welche Daten zusammengehören.
(2) Wenn sich die "halben" Fälle hingegen ergänzen, muss man die Zeilen umsortieren.
Auch dafür muss man die Datensätze zunächst trennen (oder in SoSci Survey getrennt nach Fragebogen herunterladen) und dann über "Variablen hinzufügen" in SPSS anhand der Schlüsselvariable SERIAL die zusammengehörigen Zeilen aus den beiden Dateien in eine gemeinsame Zeile schreiben.