Sofern Sie für die Erhebung nicht die Serienmail-Funktion von SoSci Survey nutzen, spielt es wahrscheinlich keine große Rolle, für welche Lösung Sie sich entscheiden.
Für ein gemeinsames Befragungsprojekt spricht, dass sich wiederholende Fragen (ggf. auch das Layout) sehr einfach in mehreren Fragebögen verwendet, und ähnliche Fragen einfach kopiert werden können.
Für separate Projekte spricht, dass es übersichtlicher bleibt, falls Sie längere Fragebögen haben.