Am besten sortieren Sie die Adressen in zwei Teilgruppen (Spalte "subgroup" beim Import), legen zwei Serienmails an, welche auf zwei unterschiedliche Fragebögen im Projekt verweisen, senden der einen Teilgruppe die eine Serienmail und der anderen die andere.
Oder falls Sie keine Serienmails verwenden, geben Sie den Personen aus der Teilgruppe A einfach den Link zum Fragebogen A (zu finden unter Fragebogen zusammenstellen -> Fragebögen verwalten) und der Teilgruppe B den Link zum anderen Fragebogen.
Sollten sich die beiden Fragebögen auch in den Fragen deutlich unterscheiden, kann es natürlich auch sinnvoll sein, zwei separate Befragungsprojekte anzulegen.