Generell können Sie über die Datenexport-API die Daten automatisiert in einem R-tauglichen Format abholen.
Eine Herausforderung besteht allerdings darin, dass bei größeren Datensätzen nicht immer alle Daten übertragen werden. Daher wäre es sinnvoll, wenn Ihre Shiny-Anwendung die Daten lokal speichert und beim Aufruf nur prüft, ob neue Daten hinzugekommen sind. Besonders hilfreich ist in diesem Kontext der changed-Parameter. Damit können explizit nur die Daten abrufen, die sich seit Ihrem letzten Abruf geändert haben.
Ob Sie das dann zeitgesteuert erledigen, kommt ein wenig auf den Kontext an. Im Prinzip können Sie mittels sendJSON() auch von SoSci Survey ein Signal an Ihre App schicken, sobald ein neuer Datensatz vorliegt.