Wenn Sie den API-Code verwenden, dann lädt R im Hintergrund das Import-Script herunter (das ist der Link, den Sie im Code sehen), führt diesen aus, und dieses Script lädt dann wiederum im Hintergrund die CSV-Datei herunter. Die Wartezeit sollte nicht wesentlich länger sein als wenn Sie die Dateien direkt herunterladen. Dass Sie in der Konsole nichts sehen, ist normal.
Wenn es per API-Link funktioniert, nicht aber über die "normal" heruntergeladenen Dateien könnte es sein, dass die CSV-Datei vor dem Öffnen verändert wurde. Das kommt z.B. vor, wenn man die Datei beim Download nicht direkt speichert, sondern erst in Excel öffnet und von dort aus speichert. Es kann aber auch an Problemchen mit der Kodierung liegen.
Der API-Import ist in aller Regel ohnehin die bequemere Variante. Wenn es damit funktioniert (=wenn der Datensatz vollständig vorhanden ist), kann ich ihn nur empfehlen.