Ja, das können Sie machen. Dafür legen Sie einfach zwei Fragebogen an (nicht Projekte- zwei Fragebogen in einem Projekt). Und an einer Stelle machen Sie dann ein redirect auf den zweiten Fragebogen, wenn männlich oder weiblich. Allerdings halte ich es für einfach in einem Fragebogen zu bleiben und mit Filtern zu arbeiten. Weniger Aufwand und Sie können mit PHP-Filtern relativ einfach Fragen überspringen, wenn das Geschlecht zutrifft. Am Ende müssen Sie entscheiden, was besser zu ihrem Projekt passt. Es ist oft auch eine Geschmackssache.