In SoSci Survey ist bisher keine Funktion vorgesehen, die Mediendateien separat zu löschen. Das Problem ist, dass man dabei potenziell Uploads löscht, die man "doch noch nicht" gesichert hat, und dann verbringen wir viel Zeit damit, in Backups zu wühlen.
Aber ja, ich kann die Problematik nachvollziehen. Wir machen und nochmal Gedanken über eine Funktion, welche die selektive Löschung hochgeladener Dateien erlaubt. Derweilen wird Ihr Projekt auch jenseits des Limits weiter funktionieren.