Für die Auswertung macht es kaum einen Unterschied, welche der Varianten Sie nutzen.
> wie genau sieht es dann mit der Referenz aus, wenn wir es mit dem Link so machen wie Sie es vorgeschlagen haben?
Nachdem diese im Link kodiert ist, geben die drei Institutionen hoffentlich den kompletten Link inkl. Referenz weiter.
> Wenn ich den Platzhalter-PHP-Code unter PHP-Funktionen eingebe, müsste er sich doch auf den gesamten Fragebogen beziehen und überall wo %...% steht entsprechend ersetzen.
Nein, Sie müssen einen passenden PHP-Code auf die erste Seite des Fragebogens setzen. Der Karteireiter "PHP-Fuktionen" ist nur dafür da, Funktionen zu definieren, die Sie dann auf einzelnen oder mehreren Seiten aufrufen können.