Die letzte Variante sieht korrekt aus - Sie definieren hier, dass auf Index Nr. 1 der String (in Ihrem Fall die Kennung) 'A104_01' gelegt werden soll.
array(
1 => 'A104_01',
2 => 'A104_02'
);
Allerdings können Sie mit der Kennung alleine wenig anfangen. Wenn Sie etwa ein einzelnes Item aus einer Frage zeigen möchten, benötigen Sie Frage- und Item-Kennung getrennt. Dafür können Sie die Gesamtkennung entweder zerlegen. Oder Sie speichern die beiden Komponenten gleich getrennt ins Array:
array(
1 => array('A104', 1),
2 => array('A104', 2)
);