Die Hinweise aus dem Setup haben m.E. nichts mit dem geschilderten Problem zu tun.
Vielmehr ist es wohl so, dass Ihre nginx-Konfiguration den Zugriff auf die Befragungsprojekte verwehrt. Lassen sich die Fragebögen denn über ihre jeweilige URL aufrufen?
Meine erste Vermutung wäre, dass das SoSci-Verzeichnis die falschen Dateizugriffsrechte hat. Der Nutzer "www-data" oder "nginx" (je nachdem, wie Ihr System konfiguriert ist) sollte dort Lese- und Schreibrechte haben, um Projektverzeichnisse anzulegen.
Bitte beachten Sie in den Server-Einstellungen auch die Option "Dateirechte neuer Projekte" im Abschnitt "Sicherheit".