Aus dem Titel Ihrer Frage entnehme ich, dass Sie gleichnamige Anleitung bereits gelesen haben (https://www.soscisurvey.de/help/doku.php/de:survey:mailing-teams). Die Zuordnung FK/MA sollte damit schon geklärt sein, korrekt?
Wenn ich die Daten dann herunterlade und in SPSS die Korrelation berechnen möchte, wie kann ich sicherstellen, dass die Daten dann auch zugeordnet sind (die MA zu den jeweiligen FüKs)?
Sie haben mehrere Datensätze für die Mitarbeiter zu jeweils einem Datensatz der Führungskraft. Das ist keine Datenstruktur, die ohne weiteres Korrelationen zulässt. Eigentlich bewegen wir uns hier im Bereich der Multi-Level-Analyse. Welche Variaben möchten Sie denn korrelieren?
Meine Frage hierzu: wie kann ich nun sicherstellen, dass die beiden Fragebögen auch an die richtige Rolle geht?
Sie meinen, dass FÜhrungskräfte nur den FK-Fragebogen bekommen und Mitarbeiter:innen nur den MA-Fragebogen? Das kommt darauf an, wie Sie die Personen generell adressieren - und welche Variante der Team-Zuordnung Sie verwenden.
Wenn Sie alle Namen und Rollen vorab haben, dann werden Sie kaum eine anonyme Erhebung realisieren können. Denn alleine aus der Team-Größe geht ja ziemlich eindeutig hervor, welcher FK-Fragebogen zu welcher Führungskraft gehört.
Sprich, Sie müssen sich erstmal mit der Problematik personenbezogener Daten auseinandersetzen. Dann können Sie aber auch Rolle und Team direkt in den Adressdaten der Adressliste vermerken - die Rolle am besten als Teilgruppe, das Team als benutzerdefinierte Variable - und entsprechend die richtige Einladungsmail an die richtigen Teilgruppen versenden. Der Fragebogen muss sich dann nur noch darum kümmern, mittels panelData() die Team-ID in den Datensatz zu übertragen.
Wenn Sie eine andere Lösung bevorzugen (eine wirklich anonyme Lösung sehe ich aufgrund des Settings eigentlich nicht), dann beschreiben Sie gerne, was Sie sich gedacht haben. Dann kann ich Ihre Fragen zur Zuordnung der Rolle auch in diesem Kontext beantworten.