Ich würde Ihnen erstmal empfehlen, dass Sie für die Gesamtversion ein neues (drittes) Projekt anlegen. Anschließend würden Sie alle relevanten Rubriken aus den beiden Projekten als XML-Dateien herunterladen und im neuen Projekt importieren.
Für das Fragebogen zusammenstellen würde ich empfehlen, dass Sie über den Karteireiter "interner Code" gehen. Damit können Sie einen kompletten Fragebogen copy Copy&Paste vom einen Projekt ins andere kopieren. Und Sie können, wenn Sie sich die XML-Struktur ein wenig ansehen, auch viele Seiten aus einem Fragebogen in einen anderen integrieren.
Nutzen Sie einen zweiten Browser oder ein "Privates Browserfenster", um sich parallel in zwei Befragungsprojekte einzuloggen. Solange Sie die Änderungen immer nur im neuen Befragungsprojekt machen, kann bei der Arbeit mit dem "internen Code" nicht viel kaputt gehen :)