Sie Zeit müsste eigentlich überall weiterlaufen - denn wenn Sie den Timer laut Anleitung programmiert haben, dann wird die verbleibende Zeit immer aus der Start-Zeit und der aktuellen Zeit berechnet:
var timePage = Math.floor((now.getTime() - timeStart.getTime()) / 1000);
Und dann ist es auch egal, ob das Smartphone den Timer im Hintergrund mal stoppt. Sobald er weiterläuft, stimmt der Timer wieder.