Wir müssen uns Schritt für Schritt nähern ;)
Das nächste Problem scheint zu sein, dass Sie die Variablennamen auf der Seite mehrfach verwenden. Auf der obersten Ebene, also nicht gekapselt in einer Funktion. Da steht:
var dropdown = document.getElementById("JJ01"); // Das Eingabefeld der Frage DJ01 (Jahr erste Umsetzung)
var frage = document.getElementById("SF02_qst");
und andernorts:
var dropdown = document.getElementById("DJ01"); // Das Eingabefeld der Frage DJ01 (Jahr erste Umsetzung)
var frage = document.getElementById("DV01_qst");
Das führt nun dazu, dass sich die Aktionen von DJ01 auf SF02_qst beziehen, weil die Variable überschrieben wird. Sie können das nun entweder in eine Funktion kapseln, so wie bei den DynamicFilter()-Abschnitten, oder Sie geben den Variablen und auch der Funktion einen anderen Namen, z.B. frageA und frageB.