Die Auswahl bezieht sich ausschließlich auf die Umsatzsteuer. Wenn Sie eine UStID haben, dann wählen Sie bitte "Unternehmen mit USt.-ID ...". Wenn Sie keine UStID haben (die USt. also nicht absetzen können), dann wählen Sie "Geschäftlich ohne Umsatzsteuer-Identifikationsnummer".
Bei Unternehmen und Organisationen in Deutschland macht das auf der Rechnung keinen großen Unterschied. Relevant ist das vor allem für grenzüberschreitende Bestellungen.