Ich habe - ohne weitere Informationen - zunächst folgende Vermutungen:
(1) Die abnehmende Geschwindigkeit der Fortschrittsanzeige spricht dafür, dass SoSci Survey zu Beginn nicht weiß, wie viele Seiten da kommen werden. Wenn die Loops erst nacheinander definiert werden, dann ist für den Fragebogen auf Seite 1 noch nicht abzusehen, dass statt 50 tatsächlich 5000 Seiten kommen sollen.
Eine Möglichkeit wäre hier, dass man nur einen einzigen Loop definiert (mit 5000 Wiederholungen ... das möchten Sie aber nicht wirklich einem einzigen Teilnehmer antun, oder???) - und welche Frage und welches Item ann angezeigt wird, das entscheidet sich einfach aus der Zahl. Stichwort: Teilen mit Rest.
Das würde dann übrigens auch eine Rotation der Items erlauben, falls gewünscht :)
Ebenfalls denkbar wäre die Verwendung eines Multi-Level-Strukture, welche auch die Inflation von Variablen vermeinden würde.
(2) Wenn sich der Fortschrittsbalken ändert, nicht aber das Item, dann könnte das an einem Fehler bei den Items oder der Schleifen-Programmierung liegen. So wie ich Sie verstehe, ist der Fragebogen im Moment eher komplex aufgebaut. Es ist nicht ganz abwegig, dass sich bei 5000 Items und 50 Seiten PHP-Code ein Fehler eingeschlichen hat.
(3) Wir wissen seit ca. 2 Monaten von einem Problem mit Loops, welches dann auftritt, wenn der Weiter-Knopf mehrfach verwendet wird. SoSci Survey kontrolliert in der aktuellen Version nur die Nummer der Seite, wenn es die übermittelten Daten verarbeitet. Wenn dieselbe Seite doppelt an den Server geschickt wird, dann wird das als zwei unterschiedliche Seiten im Loop interpretiert. Das zweite Item würde dann de-facto übersprungen.
Da Loops nur vergleichsweise selten eingesetzt werden und die Nutzer nur selten so ungeduldig klicken, dass die Seite mehrfach übermittelt wird, ist die Behebung dieses Problems erst für die nächste Version 3.3 geplant - also nicht vor 2021. Wenn Sie allerdings nicht mit 10 Wiederholungen arbeiten, sondern mit 5000, dann wächst die Wahrscheinlichkeit, dass dieses Problen innerhalb eines Datensatzes auftritt, natürlich deutlich an.
Mittels JavaScript könnte man dafür sorgen, dass der Weiter-Knopf nach dem ersten Klick deaktiviert wird.
(4) Eine mögliche Optimierung könnte im Einsatz von Auswahlabfolgen bestehen. Diese arbeiten bis zu 99 Items auf einer einzelnen Seite ab und halbieren die Anzahl der Klicks.
(5) Ein Problem bezüglich des Speicherplatzes kann entstehen, wenn man mit Loops arbeitet und leere Seite im Fragebogen übersprungen werden. Das kann dazu führen, dass sich der für die Loops intern benötigte Speicher potenziert.