Aus Ihrer Frage schließe ich, dass die Zuordnung Experimental-/Kontrollgruppe nicht im Fragebogen erfolgt, sondern bereits extern realisiert wurde.
Meine Empfehlung für dieses Setting wäre, dass Sie nur innerhalb des Befragungsprojekts unter Fragebogen zusammenstellen -> Fragebögen verwalten den Fragebogen duplizieren und aus der Kopie dann die überflüssigen Fragen entfernen.
Vorsicht: Nehmen Sie keine Änderungen an den Fragen selbst vor, die Änderungen betreffen sonst auch den bestehenden Fragebogen für die Experimentalgruppe.