Vermutlich sind diese Zeilen entstanden, weil hier keine Werte für die Variablen vorliegen, auf welche Sie rowMeans() angewandt haben.
Nun kommt es daran an, wie Sie mit den Zeilen verfahren möchten? Möchten Sie nur die NaN in NA umkodieren (nicht, dass das einen großen Unterschied macht), dann ganz klassisch:
dataset$neueVariable[is.nan(dataset$neueVariable)] = NA
Oder wenn Sie die Zeilen gleich ganz löschen wollen:
dataset = dataset[!is.nan(dataset$neueVariable), ]