Nun ist aber das Problem, dass sich wenn ich einen Fragebogen ändere sich der andere automatisch anpasst.
Ja und nein. Wenn Sie etwas im Fragenkatalog ändern, dann ändert sich das in beiden Fragebögen. Legen Sie also ggf. Kopien der Fragen an, die Sie ändern möchten und tauschen Sie in einem der Fragebögen dann die ursprüngliche Frage gegen die Kopie aus.
Damit sind wir auch bei dem, was sich nicht für beide Fragebögen ändert: Das ist die Verteilung, welche Fragen auf welcher Seite angezeigt werden und eventuelle HTML- und PHP-Codes im jeweiligen Fragebogen.
Wenn Sie mit zwei Kopien einer Frage ins Feld gehen, erhalten Sie im Datensatz (für diese Frage/n) zwei unterschiedlichen Variablen. Das ist aber auch inhaltlich sinnvoll, denn es sind ja unterschiedliche Fragen. Sofern erforderlich, können Sie die beiden Variablen dann bei der Auswertung einfach in eine dritte Variable zusammenkopieren.